De Wet op de vennootschapsbelasting 1969 kent sinds enkele jaren een bijzondere regeling voor innovatie, de zogenaamde innovatiebox. Omdat in de praktijk is gebleken dat er behoefte bestaat aan een nadere uitleg van het gehanteerde begrippenkader heeft de staatssecretaris van Financiën een besluit over de toepassing van de innovatiebox gepubliceerd. In het besluit worden verschillende elementen van de innovatiebox uitvoerig beschreven en nader toegelicht.

Binnen de Belastingdienst is de Coördinatiegroep Taxhavens en Concernfinanciering verantwoordelijk voor de coördinatie en ondersteuning van de uitvoering van het beleid bij de toepassing van de innovatiebox. Gevallen waarin een standpuntbepaling precedentwerking zou kunnen hebben, moet de inspecteur daarom voorleggen aan de Coördinatiegroep Taxhavens en Concernfinanciering.

Om de innovatiebox toe te kunnen passen moet een belastingplichtige beschikken over een zelf voortgebracht immaterieel activum. Zelf voortbrengen betekent voor eigen rekening en risico ontwikkelen. Daarbij kunnen onderzoeks- en ontwikkelingswerkzaamheden worden uitbesteed. Bijkomende eis voor zelf voortgebrachte immateriële activa is dat daarvoor aan de belastingplichtige een octrooi is verleend of dat zij zijn voortgevloeid uit werkzaamheden waarvoor de belastingplichtige een S&O-verklaring heeft verkregen. De innovatiebox kent een drempel, bestaande uit de voortbrengingskosten van de immateriële activa plus eventuele innovatieverliezen en minus de eventuele voordelen voordat octrooi is verleend. De voordelen die boven de drempel uitkomen worden slechts gedeeltelijk in de heffingsgrondslag betrokken. De formule hiervoor is 5/H maal de som van de voordelen. H staat voor het hoogste Vpb-tarief van momenteel 25%.